Gilles Bernheim est né en 1952 à Aix-les-Bains. Son père, marchand de bois, était originaire de Colmar. Sa mère était enseignante en mathématiques.
Un an après la mort de son père, la famille Bernheim s’installe à Strasbourg et c’est la première fois que le jeune Bernheim est scolarisé dans une école juive : l’école Akiba. Il fait connaissance avec la vie communautaire et adhère au mouvement de jeunesse ‘Yeshouroun’
Après avoir passé son baccalauréat, Gilles Bernheim débute des études au séminaire rabbinique de Vauquelin, à Paris. Parallèlement, il poursuit des études de philosophie à la Sorbonne.
Ses études rabbiniques terminées, en 1975, il ira passer deux années dans la yeshiva de Brisk, en Israël.
En 1977, il se marie à Mulhouse. Gilles Bernnheim a quatre enfants. Deux d'entre eux vivent aujourd'hui en Israël.
En 1978, Gilles Bernheim est nommé aumônier des Etudiants à Paris.
En 1985, il rencontre le Pape Jean-Paul II au Vatican, à Rome.
En 1986, il deviendra officiellement Rabbin des Universitaires.
1991 est l’année de la création de la Commission d’éthique médicale au Consistoire de Paris.
En 1994, Gilles Bernheim est pour la première fois candidat au Grand Rabbinat de France.
C’est en 1996, qu’est créé le Département Torah et Société, qui a pour rôle de répondre aux questions des Juifs et des non-juifs à propos de problèmes contemporains.
Cette même année, Gilles Bernheim est nommé rabbin de la Grande synagogue de la Victoire.
Le 22 juin 2008, Gilles Bernheim est élu Grand Rabbin de France, après avoir emporté les élections face au Grand Rabbin Sitruk. Il entrera en fonction en janvier 2009 pour un mandat de sept ans.
Gilles Bernheim est l’auteur de ‘Réponses juives aux défis d’aujourd’hui’, vice-président des amitiés judéo-chrétiennes, il a co-écrit ‘Le rabbin et le cardinal’ avec le cardinal Philippe Barbarin. Il est aussi l’auteur de ‘La pauvreté, le travail, la solidarité : quel défi pour la communauté juive ?’